芳香族化合物
2) acetic acid-malonic acid pathway
配醣體
生物鹼
其他
植物主要生化代謝路徑中所沒出現的化合物，如生物鹼、配醣體、酚、單寧、固醇等，稱為二次代謝物，種類相當繁多。這些物質通常對某些生物體具有生理上的作用，在劑量到達某程度以上，更可能導致生物體中毒或甚至死亡，因此有些經常被冠以有毒物質。
所謂有毒物質通常是指對人體或者牲畜而言，其實是很不精確的名詞，因為同樣的二次代謝物，對某一生物具有毒性，可能對另一生物不但沒有毒性，而且可能是一種營養分，即使同樣是可能致毒的物質，對某一生物，可能其致毒量很低，而對其他生物則要吸收達到相當高的地步，才可能致毒。
對同一個生物體，高劑量時可能致毒，但劑量較低時，或與其他物質同服用時，反而具有醫療的效果。許多漢藥，即是因為這些種子含有具有生活性－因此具有藥效－的物質。 回頁首
芳香族化合物
1)shikimic acid pathway
C6-C3類化合物，如桂皮中的肉桂醛(cinnamaldehyde)，茴香的茴香腦(anethole)，細辛的甲基丁子香酚(methyleugenol).....等。本類化合物具芳香，用途為芳香藥、健胃藥、陣痛藥、鎮靜藥等
香豆精(coumarin)類化合物，常以配糖體或ether, ester等的型態出現於植物，在繖形科、芸香科、豆科、菊科中常見。如枸橘(Poncirus trifoliata)種子含 imperatorin；日本獨活(Artemisia japonica)及豆科的補骨脂(Psoralea corylifolia )種子所含的 psoralen，白芷(Angelica spp.)種子所含的xanthotoxin、angelicin ，茵陳蒿 (Artemisia capillaris)所含的scoparone等，皆屬於香豆精。
類木質(ligans)，由2-4個C6-C3化合物所合成的物質，如八角蓮(Dysosma pleinthum) 的podophyllotoxin具抗腫瘍能力；朝鮮五味子(Schizandria chinensis)所含的schizandrin有鎮咳以及防止肝障礙的作用。
2)acetic acid-malonic acid pathway
 | anthraquinone類，如具有瀉下或抗菌作用的emodin，在蓼科的Rheum、Rumex、Polygonum 屬，豆科的Cassia 屬以及鼠李科的 Rhamnus 屬皆有之。具有瀉下或抗發炎，以及減肥作用的 rhein，在大黃有之。 |
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| xanthone類，如龍膽的gentisin。 |
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| shikonin，紫草(Lithospermum erythrorhizon) 根的成分，抗菌，抑制急性浮腫。紫雲膏用於擦傷。 |
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| baicalein，黃芩(Scutellaria baicalens ) 根部中的成分，具利尿、抗氧化、保肝、或抗過敏作用。 |
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| hesperetin, naringenin等橘子類果皮中的成分，抗毛細血管透過作用。 |
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| daidzein，葛(Pueraria tinctoria )有之，具舒張微血管的作用。葛根湯。 |
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| tannins單寧，polyphenol，具止瀉整腸等收斂效果，茶、五倍子等有之。 |
精油(Terpenoids)
植物
精油(essential oil)或樹脂的成分，如玫瑰油(geraniol)、薰衣草油(nerol)、檸檬油(limonene)、薄荷油(methone)等。植物精油的來源雖然以花、葉為主，但種子亦含有各種的精油。種子內主要的精油為 terpene 類者為多，如肉豆蔻(Myristica fragrans)種子含有 camphene，杜(Alpinia chinensis)種子含 eucalyptol，縮砂(Amomum xanthioides)種子含borneol 和 nerolidol，柑桔種子含limonlin，車前草含 aucubin，巴豆(Crotontiglium)種子含 phorbol，續隨子(Euphorbia lathyris)含 epoxylathyrol等。棉籽油含gossypol，必須除去後才可食用。植物賀爾蒙如 ABA、GAs 等，亦屬於 terpene 類。
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| a-santonin，山道年蒿(Artemisia monogyna)，可驅蟲。 |
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| stevioside，甜菊(Stevia rebaudiana )。 |
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| aglycone，甘草(Glycyrrhiza spp. )。 |
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| camphor，樟腦油，樟樹(Cinnamomum camphora)。 |
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| azairachtin，印度楝樹(Azadirachta indica)。 |
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| artemisinin，金蒿素，黃花蒿(Artemisia annua)。 |
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| tetrahydrocannabinol，THC，大麻(Cannabis sativa)。 |
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| taxol (paclitaxel)，紫杉醇，紫杉(Taxus brevifolia)。 |
固醇
固醇在動物體上扮演賀爾蒙等很重要的角色。植物也會有若干固醇，許多種皆含有b-sitosterol，西瓜種子含有 a-spinasterol。毛地黃(Digitalis purpurea)種子含有 digitoxin、gitoxin 及 digoxin等，是固醇配醣體，為有名的強心劑。
皂素(saponin)
皂素(saponin)，略帶苦味，在水液中形成泡沫，對冷血動物特具毒性。具有溶血、魚毒、鎮咳、卻痰，以及抗炎性、抗過敏、降壓、鎮靜等作用。一些豆科植物如苜蓿，菜豆，大豆，豌豆，Lotus corniculatus 等，皆含有。
glycyrrhizin，甘草有之。
saikosaponin，三島柴胡(Bupleurm falcatum )有之。
Platycodin D, polygalacin D，桔梗(Platycodon grandiflorum ) 的根有之。常用的鎮咳、卻痰藥。
ginsenosides，人參所含的皂素，其成分之1具有對中樞神經系統的抑制作用，另一則有興奮作用。
生物鹼
生物鹼(alkaloids)是許多含氮化合物的通稱，作用於神經系統，常是許多和草藥的有效或有毒成分。4000種經試的植物中共超過3000種生物鹼，應用於臨床試驗的已超過80種。
嗎啡(morphine)、尼古丁(nicotine)、奎寧(guinine)、咖啡因(caffeine)、古柯鹼(cocaine)等都是生物鹼。
生物鹼一般源自植物的各種器官，但通常以種子的濃度最高。在真菌以及雙子葉植物中較多，如豆科、茄科、防己科、罌粟科、毛莨科常見。
茄科植物種子含有 tropane alkaloids，例如莨菪(Hyoscyamus niger)及蔓陀羅(Datura alba, D. stramonium)含有 hyoscynamine，可以製成 atropine。
豆科種子也含有豐富的生物鹼，羽扇豆(Lupinus spp)屬，通常含有 qui-nolizidim alkaloid，例如 lupanine，羊食羽扇豆常常中毒，黃野百合(Crotalaria spp.)則含有 pyrolizidine alkaloid 如 monocrotaline ，家禽食之中毒，對人體則會產生肝毒。
咖啡種子含有咖啡因，是一種 imidazole alkaloids ，對中樞神經、呼吸、心臟有刺激作用。此外，蓖麻、檳榔、大麻、蓮子、馬兜鈴(Aristolochia kaempfere)等亦含有各種生物鹼。
配醣體
苦扁桃(Prunus amygdalus var. amra)、杏、桃的種子含有amygdalin，是一種含有 CN 的配醣體(glycosides)，據云有鎮咳、去痰、定喘等效果。皇帝豆以及亞麻的種子 則含有 lotaustralin ，亦可以經水解釋出 HCN。十字花科種子的辛辣味是因為含有mustard glycosides，如芥菜種子含有 sinigrin，白芥子(Sinapis alba)則含有 sinalbin。
其他
對真菌等細胞物亦具有抑制作用。另一種豆科植物銀合歡是分布於熱帶的植物，牛羊食之則毛髮脫落，肝臟受損，這是因為種子含有一種非蛋白質的氨基酸 mimosine 所致。