第一代基因改造作物從1996年起步，雖然讓基改種子公司賺了不少錢，但全球認同度有限，種植的國家還不多，而許多國家立法管理基改食品，先需要申請，核准後上市時也應該標示。
若說基因轉殖是第一代的基因改造，那麼基因編輯作物可以說是第二代的基因改造，這第二代基改作物的遺傳工程分兩個階段，前面也是基因轉殖，後面才是基因編輯。我們可以說第一代的是「基轉基改」，第二代是「基編基改」。
基轉基改產品受到法律管理，引起基改研發學者以及基改公司的不滿，因此在基因編輯技術可用時，就以龐大的遊說能力來說服各國政府，希望能認定基因編輯並非基因改造，企圖規避管理，不用審查也不需標示。
他們的說法是，基因編輯技術相當「精準」，只有特定一兩個核鹼基的改變，自然界的變異也可能發生，不含有外來的基因、不會產生新的蛋白質，因此與第一代基因轉殖者不相同，並沒有健康風險。由於產品與自然變異者沒兩樣，因此在市面上無法分辨，技術上無法檢驗出是否為基因編輯產品，沒有標示，政府也查不出來。
美國政府接受這樣的說法，因此前述基因編輯油菜籽與黃豆很快就上市。然而科學研究很快就發現基因編輯還是有相當多意料外改變，意涵著還是可能有健康風險。後來日本等國就提出階層方式的管理，希望能加以解套。即是首先判斷產品有無外源基因，若是產品無外源基因，進一步看基編輯目標的改變，若屬於一兩個核鹼基的改變，也不視為基因改造(例如SDN1、SDN2)，若基因編輯懷是會產生新的蛋白質(如SDN3)，那就仍視為基因改造。
對此，最近美國六個環境保育NGO團體的學者共同發表論文《Responsible
governance of gene
editing in
agriculture and the
environment》，確認基因編輯產品可能有預料外改變，仍有風險，無法類比傳統育種，並討論基因編輯在農業與環境上如何做負責任的治理，提出六大原則，希望美國主管機關能參考改進，以提升消費的信任度：
1.
避免風險並做出實質的社會效益；
2.
強大、包容的社會參與；
3.
有效、基於科學的政府監管；
4.
以最佳自願措施補足法規監督；
5.
基編產品在環境與市場中要資訊透明；
6.
技術和資源要符合成本效益下分享。
對於《治理》這篇文章的說法，GMWatch部分表同意，但也指出其中的缺陷與危險。
※《治理》贊同「有效的」階層方式管理，認為可以加快低風險產品的評估腳步。
對此，GMWatch期期以為不可。理由是第一階層的初評估可能低估基因編輯產品的風險，而被列為非基因改造。
按照階層設計，初評估只是根據研發者所提申請書以及所附基編產品的描述，而非產品本身的檢驗。根據基因編輯的流程，通常會描述轉殖的基因被拿掉，沒有外源基因，若目標基因只有一兩個核鹼基的小改變，並沒有新的蛋白質產生，那就不稱為基因改造，直接過關，消費者也無從知曉。但是有如《治理》所提，基因編輯的預料外改變相當多，就算SDN1也一樣。這些改變若沒經過徹底的評估就無法得知是否有安全疑慮，因此所提的階層設計是相當不宜的。
※《治理》指出，基因編輯做出來的無角牛被美國食藥署檢驗出含有來自細菌的抗抗生素基因，因此基編產品需要依「產品」來管理，而非依「製程」。
GMWatch認為這樣的說法倒因為果。按照企業的說法，基編無角牛與傳統無角牛無異，因此很容易在初階層審核就是為非基改而過關。幸好食藥署的科學家知道基編無角牛的「製程」有轉殖了細菌的抗抗生素基因，好奇之下加以分析，才意外發現三個細菌因並沒有被移除掉;。這可以說明，基層式管理很容易在第一步就出錯，防止漏洞，還是要考慮到製程，每個經過基因編輯的產品都須要詳細的風險分析。
※《治理》關於資訊透明，指的是研發者透過全國性網路註冊系統，登錄其基因編輯產品，讓消費者等民眾得以知曉。
GMWatch指出，註冊系統是需要的，但文章未能提出上市要標示，是為美中不足。公開登錄是一回事，但無法取代上市標示。這很容易瞭解，因為消費者是不可能購買前先上網查登錄資料庫的，落實消費者的知情權只能透過標示。
※《治理》建議，基編研發者應進行強大、包容的社會參與，研發初期就引入各界的討論，讓基編科技發揮廣泛的好處。
GMWatch對於擴大參與討論表示認同，不過討論的時機還要更前面，要面對問題，釐清各種可能的方案，在後再決定對策，不能把基因編輯當作唯一的解決之道。
