自家採種若只種單一品種，隔距需要1000公尺，不過這仍較蜜蜂之飛行距離為短。蜜蜂採蜜時，腳部可能攜帶不同品種花粉而雜交，因此花開前一天套袋，待隔天再進行人工授粉最為保險。商業採種，因純度要求高，必需維持2000公尺以上的隔距較為安全。

圓筒絲瓜開花時間是清晨至當天中午，授粉時間必需於花開，雄花粉裂開（成熟）初期2小時內最適宜。如果盛夏高溫，雌花柱頭變溼潤狀授粉，其結子率降低。通常正常授粉果平時每條可收300-500粒種子。

稜角絲瓜開花時間傍晚至翌日早晨，故授粉時間一定要掌握好，才能得到較多之種子。

套袋授粉必需分兩階段，一是花蕾時，選隔天要開花者，今天套袋，待明天花開後解開授粉；二是授粉完成後仍需將雌花再套袋，以防昆蟲帶來不同花粉，並以橡膠圈作記號。

絲瓜長大至成熟仍需一段較長的時間，溫度高低影響果實成熟日數，一般以絲瓜完全老熟、瓜皮變為褐色即可採收，而後曬乾取出種子精選，再曬至完全乾燥後貯存。