種子採收之後，播種之前需要講究保存的技術，否則不但發芽率會低落，所長出來的植株也可能發生不良的顯性或隱性突變，導致將來留種後，反而一代不如一代。影響種子健康的因素主要有四，即種子的原始狀況、種子含水率、儲藏溫度、儲藏時間。
種子健康在母體上完成熟時達到最高峰，其後就會逐漸下降，溫度越高、含水率越高，種子健康的下降就越快。因此在母體上完成熟時就應該趕快採收、調製與儲藏；採收、清理期間種子含水率較高，要注意的是溫度不宜高，在35度以下的乾燥風來吹乾種子是較恰當的作法。
其後的再乾躁與包裝儲存方式的選擇與儲藏時間長短有關。若不久就要播種者，較不需要做得很徹底，需要保存的時間越久，種子的處理就更要考究。
再乾燥
種子的含水率與空氣的濕度有關，陽光強時可以用風扇引室外的乾燥空氣，對種子送風，即可降低種子的含水率；但曝曬於太陽下容易傷害到種子。濕度高時，種子的含水率難以降低到應有的水準。因此若清理期間空氣較潮濕，需要用其他的方法降低空氣中的濕度來進行再乾燥。降低濕度有兩個方法，提高溫度可以降低種子含水率，種子量很多時通常需要使用烘乾機來乾燥，但要注意溫度的調控，種子在乾燥過程也需要長加以攪動。
烘乾機也容易傷到種子；越濕的種子越不可以用高溫來處理。第二個方法是用乾燥劑來吸收水氣。古人用草木灰來保存種子就是要維持種子的乾燥。現代我們可以購買乾燥劑。
好用有可以重複使用的乾燥劑是含有氯化鈷的矽膠，本矽膠在乾燥時呈深藍色，若已經吸飽了水氣就呈粉紅色，很好辨識。從材料行買回來的矽膠可以放在烤箱烤，等到全部呈深藍色時立即裝於罐子鎖緊，勿令水氣進入。待矽膠降到室溫時就可使用。拿適當大小的容器，將深藍色無水矽膠以平鋪在容器的底部，上面蓋紗網，少量種子放在紗網上，容器要蓋密，必要時加封以防止水氣進入。容器以扁平者為宜，夠裝矽膠與種子即可，不要太大。約置放2-7天，種子充分乾燥後既立即將種子取出儲藏起來，不要放太久。若尚未乾燥好，矽膠就出現粉紅色，則矽膠還要再重新烤乾，過程如前面所述。
種子量略多的話也可以使用除濕(箱)機，在小空間將空氣相對濕度降到50
%時置放種子數天，種子含水率可降到 6-10
%。若相對濕度是20
%，含水率可降到5-7%。此外也可以用電爐加熱並以電風扇吹送熱風來乾燥種子；注意溫度不要超過50度，時間不要多於2小時。
種子到底要乾燥到什麼程度？一般是要乾燥到含水率5-10%，依種子類別與使用時機而不同，油份高者較低，澱粉類者可較高。要精確測定含水率，需要有高溫乾燥箱或者測水分含量的儀器。沒有的話可以參考以下的方法。
若是小而長型或扁平的種子如胡瓜，折下去會破裂的就是很乾燥了，若只是彎曲，含水量還是過高。大種子如玉米、大豆，把種子彭鋪在硬板，用鐵鎚敲擊，若只是扁掉，種子還是太濕，若好像擊碎玻璃一樣地裂成碎片，表示已經相當乾燥。有經驗者也可以憑口咬感覺，或者攪動一堆種子，聽種子磨擦的聲音來判斷。
