南瓜要自家或商業採種，建議最好以人工授粉，如此之隔距就可以降低至10公尺以內，並可數品種一同種植。隔距10公尺即可，以防止螞蟻傳播異品種花粉。

自家或商業採種南瓜，以人工授粉，最好能在上午9點前完成，如能提早，愈早愈好。高溫期儘可能於8點前授粉完成，因為溫度升高，花粉發芽力降低，不易結果。

人工授粉需於開花前一天進行套袋，明天早上再解開套袋授粉，完成後立即再將完成授粉之雌花套袋，並以橡膠圈套上果梗作記號，等果實完全成熟後採收，再後熟二星期以上，而後剖開取種子曬乾至含水量8％左右即可貯存。