水稻採種田的隔距約2M。

大量採種時，在田間進行去偽去雜工作，分糵盛期、抽穗期與成熟期各去偽一次。抽穗期剛開始時由株型態、劍葉色澤、發育速度等觀察偽雜株，然後拔除。抽穗後穀粒成熟前由穀粒形狀、稃尖顏色等觀察偽雜株，然後拔除。稻穀充分成熟時全部採收之。機器採收前切記將機械內外的穀粒清除乾淨，避免混雜。

少量採種時在抽穗後穀粒充分成熟時在田間選擇植株健壯、無病蟲害、成熟穗粒多的單穗。將單穗割下來脫粒選種；或者僅將黃熟的穀粒直接脫下採收，其餘者將來採收食用。單穗割下來之後也可以穗朝下吊起來讓稻穀乾燥後再行脫粒。

選種時除了風選、篩選外，稻穀一般建議用鹽水選，除去重量輕的穀粒。10公升的水加2.5公斤粗鹽，充分攪拌溶解後約可達1.10的比重；加1.56公斤粗鹽約得1.08的比重。使用比重計測定後再酌加水或者鹽來作細調。若無比重計也可以拿雞蛋放入溶液內，由其浮游程度來判斷比重。比重1.08時雞蛋直立浮到溶液表面之下而未露出。比重1.10時蛋仍未露出，而是與液面呈45度斜角。比重為1.13時蛋會浮出，直徑約2公分(10元硬幣)。使用時確定雞蛋是新鮮的。

一般而言，蓬萊稻穀比重調到1.13；有芒蓬萊稻或糯稻調到1.1；在來稻穀或有芒糯稻可調到1.08。將稻種倒入調好的鹽水中，每10分鐘攪拌一次，30分鐘後靜置，飽滿榖粒會下沉。除去上層不飽滿榖粒後，取清水洗飽滿榖粒，然後乾燥儲藏。此選種步驟也可以等到要育苗時進行。