西瓜異交率高，留種時建議以人工授粉為主，其隔距可降至10公尺，但需防螞蟻傳播異品種花粉。盛夏烈日時必需以紗網覆蓋。

人工授粉方式：

1.      準備授粉套袋及標記橡膠圈

2.      選擇明天開花之雌花蕾與雄花蕾，用套袋套好，防止隔天花開被蜜蜂或螞蟻採蜜而被雜交

3.      當隔天早上開啟盛開的雌花與雄花，選擇沒有受昆蟲（螞蟻在花內爬行）染香者，如發現套袋雌花有螞蟻在花內柱頭上，就予以摘除

4.      盛花之雌花柱頭未溼潤前，拿需要之雄花輕輕於套袋之雌花柱頭上轉兩圈，花粉就沾滿雌花柱頭

5.      授粉完成，套上橡膠圈於果柄及其瓜葉，而後再將套袋套回原瓜果即完成

6.      果實肥大後會將套袋撐破，經過25-28天小型瓜即成熟，大型瓜30-40天

7.      將完熟之瓜果採收置於陰涼處7-14天之後熟，即可剖開取種子

8.      採收後之種子同瓜肉汁置於桶內，經過發酵後，夏天約2-3天即可以清水沖洗乾淨，去除果膠，才不致影響發芽

9.      洗淨種子經日曬乾燥，含水量8%就可貯存